История Амстердама началась в XIII в. с появлением небольшой рыбацкой деревни, которая расположилась на защитных дамбах, построенных на обоих берегах реки Амстел в ее нижней части. Из-за того, что вначале была возведена дамба на восточном берегу, большинство старых названий в восточной части Амстердама имеет приставку Ауде (от Oude — «старый») или Ауде-Зейдс (Oude Zijds — «старая сторона»).
Строительство западной дамбы, произошедшее позднее, дало сохранившееся до сих пор название появившейся на ее месте улице Ньеувендейк («новая дамба»).Плотина через реку Амстел, построенная в 1270 г., позволила выделить место для небольшой площади, получившей название Дам. Деревня стала называться Амстелледамме, т. е. «плотина на реке Амстел». Первое письменное упоминание об Амстердаме датируется 27 октября 1275 г. Сообщается о даровании торговых привилегий расположенной на дамбе в устье реки Амстел рыбацкой деревне графом Флорисом V Голландским. Статус города деревня получила на рубеже XIII-XIV вв., а ее название тогда приобрело современное звучание. В 1317 г. произошло присоединение Амстердама к графству 1олландия, которое провел Вильгельм III, наследник Флориса V Роль этого графства в землях Нидерландов была достаточно весомой уже в то время, что подтверждается удачным замужеством дочерей Вильгельма III: одна стала королевой Англии, другая — женой императора «Священной Римской империи». С этого времени началось экономическое развитие Амстердама. К востоку от площади Дам, которая оставалась центром города, были построены две гавани: одна на заливе Эй, другая на реке Амстел. Рост города шел одновременно с постепенной засыпкой грунтом обеих гаваней, и строительством прилегающих улиц Дамрак и Рокэн, которые до сих пор являются одними из основных магистралей Амстердама. В 1306 г. была построена первая церковь Амстердама — Ауде-Керк. Ее посвятили покровителю Амстердама и моряков святому Николаю.
К середине XIV в. город был с обеих сторон ограничен укрепленными каналами, которые стали первым кольцом в концентрической системе водных путей сообщения. Второе кольцо каналов сложилось к началу XV в., оградив территорию, образовавшуюся за первыми городскими стенами, и увеличив площадь, занимаемую городом, на 105 га. Новые каналы дали Амстердаму дополнительную защиту от внешних врагов. Значение Амстердама как порта возросло к концу XV в. из-за того, что Ганзейский союз дал городу право свободной торговли на Балтийском море. 70% грузовых перевозок по Балтике осуществлялось через Амстердам. Период расцвета города начался с 1578 г., после того как была завоевана независимость от испанского господства и образовалась Республика Соединенных провинций Нидерландов. Южные провинции были разорены испанцами, которые еще в 1585 г. разграбили и опустошили Антверпен, закрыв для судоходства устье реки Шельды. Все это позволило Амстердаму почти два века развиваться без конкуренции и предоставило в его распоряжение новые рынки сбыта товаров. Власть в Амстердаме перешла в руки совета из 36 регентов, которые, предвидя дальнейший рост города, поручили архитектору Хенндрику де Кейсеру разработать план развития, который получил название «План трех каналов». Воплощение этого плана в 1585-1658 гг. дало Амстердаму современные очертания.
По данным карты 1597 г., город увеличился вдвое и был построен новый канал за пределами городских стен, возведенных в XV в. Окончательное осуществление плана, проходившее под бдительным контролем муниципалитета, расширило территорию Амстердама к 1658 г. в четыре раза — до 716 га, придало городу гармоничный облик и принесло славу красивейшего города Европы. С 4 апреля 1609 г., когда команда нидерландских моряков, возглавляемая Генри Гудзоном, на судне «Де халфе Маен» отправилась из Амстердама на поиски Новой Индии, началась эпоха колониальных захватов новых земель. Образование сначала Ост-Индской, а затем Вест-Индской компаний и открытие фондовой биржи еще больше укрепили позиции Амстердама. В 1795 г. Амстердам был провозглашен столицей Батавской республики, а спустя 11 лет — Нидерландского королевства. На рубеже XVII-XVIII вв. Амстердам стал крупным торговым городом, портом, экономическим и культурным центром. Во второй половине XVIII в. значение Амстердама в мировой торговле пошло на спад. Численность городского населения стала уменьшаться. Французская оккупация с 1795 по 1813 г., ограничительная торговая политика Наполеона и континентальная блокада стали серьезным ударом для экономики города.
Но Амстердам остался столицей Голландии, где правил назначенный в 1806 г. Наполеоном Луи Бонапарт. Городская Ратуша была преобразована в королевский дворец. При Луи Бонапарте в Амстердаме был открыт Королевский институт науки, литературы и изящных искусств, а также заложены основы будущего Национального музея (Рейксмузеума). В 1810 г., когда Нидерланды были включены в состав Французской империи, Наполеон относился к Амстердаму как к третьему по значению городу после Парижа и Рима. 30 марта 1814 г., после поражения Наполеона, принц Вильгельм Фредерик Оранский был провозглашен королем Нидерландов под именем Вильгельма I в церкви Ньиуве-Керк, а Амстердам вернул себе статус столицы. В последней четверти XIX в. в связи с ускоренной индустриализацией и возрождением порта в Амстердаме возникли жилищные проблемы, обусловленные притоком рабочих из сельских районов и небольших городов. Численность населения в 1900 г. достигла 500 тыс. человек. Принятие в 1901 г. национального жилищного законодательства помогло исправить создавшееся негативное положение, связанное как с перенаселением, так и с возникновением уродливой застройки. В начале XIX в. Амстердам занял шестое место по величине среди европейских городов после Лондона, Парижа, Москвы, Санкт-Петербурга и Вены. Постройка в 1860-80-х гг. канала Амстердам — Северное море открыла новый водный путь, который увеличил значение Амстердама как важнейшего порта страны. 1917 г. отмечен «картофельным бунтом» в столице, который вспыхнул на фоне массовых забастовок докеров, моряков, шахтеров и текстильщиков. В 1928 г Амстердам стал столицей IX Олимпийских игр. Во время Второй мировой войны город подвергался оккупации немецко-фашистскими войсками. В последние десятилетия из-за притока большого числа иммигрантов в Амстердаме обострилось положение с жильем и рабочими местами, стали возникать межэтнические конфликты, получило широкое распространение употребление наркотиков. Экологическая обстановка ухудшилась из-за неконтролируемого развития современных технологий.